安排完相关事宜后，孙宇再次进入了冬眠。
这次，他设定的苏醒日期是危机纪元16年。
同时，大批的神盾局高管，也进入了冬眠状态。
神盾局则交给了史蒂夫·罗杰斯，统筹接下来十二年的工作。
危机纪元12年……
三体舰队距离太阳系4.18光年……
林格斐兹罗望远镜发现了三体舰队探测器，既水滴……
太空电梯投入运行……
章北海趁着孙宇冬眠，暗杀了航天部三元老，为无工质飞船的研发奠定了基础。
完成自己的任务目标后，章北海进入了冬眠。
危机纪元16年。
孙宇苏醒了，当他看到霍华德·斯塔克，已经从小青年变成了大胡子后，方才感受到了已快速流逝的岁月。
这一年，希恩斯夫妇苏醒了……
“思想钢印”被成功研制了出来。
他们夫妻二人建立了信念中心。
希恩斯完成了当年的承诺，将其中一台“思想钢印”秘密转移给了孙宇。
如获至宝的孙宇非常高兴，立刻就将“思想钢印”的原理解析了个透彻，并销毁了希恩斯送过来的样机。
只要得到原理就可以了，孙宇有着更高超的打“思想钢印”办法。
也就是在这一年，孙宇给神盾局“增援未来”计划内的100万冬眠者，全部打上了思想钢印。
几个月后……
曼努尔·雷迪亚兹被破壁成功……
而他使用的策略，就是同归于尽战术。
在面壁计划听证会上，雷迪亚兹使用了核弹作为威胁，用以恐吓参会代表。
这也使得他激起了众怒，愤怒的民众要当场绞死他……
在飞回委内瑞拉的途中，孙宇秘密派人将雷迪亚兹劫持到了神盾局，并强行使他进入了冬眠。
将事先准备好的ETO人奸，整容成雷迪亚兹的模样，使用全贯通式脑机芯片加纳米虫进行控制，使得这个人奸被愤怒的百姓当成了雷迪亚兹，而被乱石砸死。
做完这些。
孙宇再次进入了冬眠。
而这一次，他的两个孩子将随同母亲一同冬眠。
这一阶段轮值局长，恢复成了佩姬·卡特……
危机纪元26年……
在孙宇的授意下，佩姬·卡特公布了肉制品种植技术。
但这项技术刚一公布，便在社会上引起了轩然大波。
对于基因食物，人们是厌恶至极。
尽管佩姬·卡特接连解释这种技术是以备不时之需。
但公众仍然不买账……
抗议，游行，要求取缔神盾局的呼声此起彼伏。
ETO看中了这次机会，他们潜伏在人群中，不停地煽动着人群，他们高声呐喊：“基因食物违反了大自然法则，基因食物有毒，基因食物会导致慢性死亡，拒绝基因食物，从我做起……”
现在的年轻人，已经不是当年危机纪元3年时候的那批人了，那一批人现在都已经年过50……
虽然他们仍然是神盾局的坚持拥护者，但这个舆论至上的时代，光靠这些老粉丝，根本起不了多大作用。
年轻一辈，根本不买账。
这次针对神盾局违反道德底线的游行，整整持续了3个月之久。
最终，在联合国将这项技术列为违反国际法后，方才平息了各地的集会游行。
至此，神盾局在之前二十多年所积攒的人气，开始走向下坡路。
因为这些年孙宇一直在冬眠，并未公布什么新的利民技术，久而久之，人类选择了淡忘。
俗话说得好，纵有你对我千般好，只要有一次让我失望，那你之前所做的，都将是白费……
夫妻之间，男方常常遭受女方的家庭暴力，每天女方对男方不是拳打脚踢，就是哑铃灌头，当有一天女方累了，想休息一天，不打了，男方就会认为这是莫大的恩德，从而会加倍对女方好，并且感激涕零……
人性不过如此……
危机纪元30年。
年轻人开始质疑面壁计划，联合国开始考虑全面废止面壁计划。
收到消息的佩姬·卡特，下令神盾局所有外勤特工全部撤回总部。
而后，佩姬·卡特进入了冬眠，并正式将最高指挥权限交给了红后，基地防御全部交由终结者T800来担当。
与此同时，8艘空天母舰全部退役，随舰官兵也同时进入了冬眠状态。
行星防御理事会试图联系神盾局，突然发现神盾局已经被托管给了AI，孙宇给出的最后留言视频是：
“我们将直达末日之战！”
在进行对于面壁计划的综合考量后，PDC决定暂不废止面壁计划，但无限期停滞……
其实，联合国还是对孙宇抱有很大希望的。
不过，废不废止面壁计划对于孙宇来说，已经不重要了。
第一阶段计划，已经圆满完成。
随着时间推移，联合国和世界ZF再次将主流防御计划提上日程，并且加大了投资力度。
全球工业与航天技术得到了突飞猛进的发展。
但引来更为严重的问题就是对于环境的污染。
全球农产量急剧下降，经济体系面临崩溃。
全球所有国家的ZF宣布进入了紧急状态。
由于环境日益恶化，农作物产量达到了百年历史新低，这也使得全世界社会开始动荡。
危机纪元36年。
人口开始锐减，粮食争夺异常惨烈。
直到这时，人们方才想起神盾局早在几年前公布的肉类食品种植技术，但由于被当时的小青年过度渲染为不安全食品，违背大自然规则，而被列为违法技术。
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